以全国工商联为首组成的民营企业自主创新调研小组在北京、长三角、珠三角地区进行了广泛深入的调研后，最终得出结论：我国民营企业自主创新能力正在迅速提高，已经成为国家自主创新的重要生力军。但是，民营企业在自主创新上相对于其在国民经济中的地位与作用而言，相对其自身潜力而言，还存在很大差距。

　　一方面，我国大约70%的技术创新、65%的国内发明专利和80%以上的新产品来自中小企业，而95%以上的中小企业是非公有制企业；另一方面，我国只有万分之三的企业拥有自主知识产权核心技术，99%的企业没有申请专利，60%的企业没有自己的商标，而民营企业的比例更低。

　　全国政协副主席、全国工商联主席黄孟复在接受记者采访时，把当前民营企业自主创新中面临的最主要问题——核心技术掌控率不足归结为企业无意创新、企业无力创新、企业难以创新、企业不敢创新和企业不愿创新五方面的原因。

　　首先，我国民营企业自主创新意识普遍较弱，多数企业无意创新。黄孟复说，我国大多数民营企业属小型、微型企业，大中型企业比例很低，维持生存是企业的第一要义。绝大多数民营企业成天为保证生计而奋斗、而尽心、而烦恼，既无暇顾及创新，也无心、无意于创新。如在重庆九万多家企业中，拥有自主知识产权核心技术的企业占不到2%，民营企业的比例更低。据国家知识产权局统计，私营企业申请的专利中发明专利只占13%；而发明专利中，多数又是近几年才申请的。据全国经济普查材料，2004年全国共有大中型私营工业企业4500家，拥有发明专利6486件，户均只有1.44件。

　　其次，民营企业人才、技术、资金条件普遍不足，多数企业无力创新。黄孟复说，近年来，虽然越来越多的民营企业逐步树立起了自主创新的意识，但大都苦于人才、技术、资金等条件的严重缺乏，心有余而力不足。据上海工商联调查，当地80%的民营企业研发资金不足，62%的企业研发资金来源于企业自身，风险投资只占2.7%；只有3.7%的企业认为研发人员充足。另据江苏工商联调查，江苏全省72%的民营科技企业缺高级技术人才，35%的企业缺高级技术工人。由于受资金条件的制约，我国民营科技企业研发经费投入比例逐年下降，1993年时高达11.5%，2005年时却只有3.63%。

　　再次，融资难、税赋重、国家直接支持少，使得多数民营企业难以创新。据他介绍，融资难仍然是以民营企业为主的中小企业发展中的最主要问题。据调查，中关村企业资金缺口达400多亿元，平均每家企业资金缺口280多万元。我国现行税制也在相当程度上限制了民营企业自主创新。因为企业在研发投入中固定资产价值可以抵扣生产型增值税，而占科技型企业投入中很大比例的以科技人员、企业专利为主的无形资产投入却不能抵扣增值税。据调查，深圳华为、比亚迪等高新技术企业所缴纳增值税占销售收入的5.11%，而一般工业企业平均为3.06%，这在一定程度上挫伤了企业对技术创新投入的积极性。对民营企业自主创新的政府直接支持也很少。目前民营企业在自主创新上能够获得国家资金直接支持的主要是火炬项目等。据调查，目前民营企业申请火炬项目所得到的资金平均只有几万元，无助于解决企业科技投入的瓶颈困难。

　　此外，知识产权保护力度不够，市场风险大，多数民营企业不敢创新。“特别是在原始创新和发明专利方面，企业为此投入大量人力、财力与时间，一旦被他人仿冒，要么为侵权纠纷耗尽精力，要么任人仿冒，自己则可能前功尽弃。知识产权保护风险现已成为民营企业专利进步、特别是发明专利进步的重大制约因素。”黄孟复对记者说。

　　最后，受现实利益诱惑，经营追求“短平快”，多数企业不愿创新。一些民营科技企业感叹说，当年若不是这样执著于技术创新，而是像某些企业一样转向或兼营房地产，自己的企业可能早已发大财，绝不会像今天这样步履艰难、吃力不讨好。